全院生产经营按现有资质、产业类型、经营项目及所有制关系，划分五大系列二十六个（种）建制单位：

一、内设机构
（一）地质勘查院
1.第一项目部
2.第二项目部
3.第三项目部
4.第四项目部
5.第五项目部
（二）经营单位
6.环境地质勘查分院
7.水文地质勘查分院
8.测量分院
9.物探遥感勘查分院
10.实验室
11.国土资源勘测规划分院
12.地理信息分院
13.哈尔滨地质生态勘查分院
14.佳木斯市地质工程勘察院
（三）院部职能科室
15.行政办公室
16.党群、监察审计科
17.财务资产科
18.人事教育科
19.安全保卫科
20.总工办
二、派生和衍生机构
（四）全资子公司（派生）
21.佳木斯地质工程勘察院
22.三江地质技术开发公司
（五）参股公司（衍生）
23.逊克县翠宏山矿业有限公司
24.黑龙江中汇蓝天矿产开发有限公司
25.伊春市北瑞矿业有限公司
26.虎林市东营山矿业有限公司